OK, the full review was found too much aggressive toward the author and the referees and the editor. Concerning the staff of Organogenesis I must say that they done the worst job, I'm aware of, while reviewing and accepting this paper.

I hope that no biologist was involved in the review process and that the editor that handled the paper didn't read it carefully. If some bioscientist read the paper carefully and didn't found the flaws all I can suggest is a battery of cognitive tests, ASAP.
The "sandwich" is one of the horrible examples of ignorance the author displayed and the review process didn't corrected. Shame on them.
Credibility of the journal may be evaluated as the inverse of the number of flaws you will be able to spot.

The model is flawed. No crack propagation to explain the PS progress (the basal lamina is present below it 'till stage 3), prepaterning of the PS before it's formation (recent data), no "four vortices" visible on the epiblast, no vortices in the mesoderm, mesodermal cells migration patterns falsely described, etc.

As MarkCC put it [edit Agathi; he never read things completely?]:

Invalid models do not produce valid results. Stop. Do not pass go. Do not collect $200. Do not get your paper published in a decent journal. Do get laughed at by people who aren't clueless jackasses.

I'll add:

• Journals that publish such papers do not pass go, do not collect subscriptions and aren't available from decent libraries. Even if the editorial board have the illusion of publishing interesting stuff, on the basis of inappropriate review.
• Invalid models can't produce anything valid, especially theories.
  Down the drain gone Fleury's theory.

I'll keep this paper easily accessible, as it's the only one I have seen where the author states that the problem discussed isn't analytically tractable while he claims an analytically exact description of it. (do you need to be an expert to find that suspicious?)

People that offered "time will tell" as the final remark should reconsider their standards. One shouldn't leave flawed theories persist in scientific grounds as they disqualify not only their authors but also their environment, including those tolerant by ignorance. That explain why just after posting my memo to the library, to avoid a subscription to Organogenesis, I cleaned my blogroll at C&C. I don't like to link to "time will tell" users.

I consider that I done my share. F*ck V"I"F, his flawed model, his silly theory, his genetics and evolution denialism, and those stupid enough to consider them, either to build more stupid theories on them, e.g. Jean Staune, or respectfully, believing that tolerance of stupidity is equivalent to good manners.

J'ai longuement interrompu la critique du livre de Jean Staune "L'existence a-t-elle un sens ?", chapitre XI, à cause d'une des personnes qui y sont célébrées, Vincent Fleury.
Initialement je ne pensais pas m'intéresser à son cas aussi longuement, son ignorance affichée sur les forums de Sur-la-Toile de la théorie de l'évolution et de la génétique me paraissant être des éléments suffisants pour disqualifier sa théorie qui a attiré l'attention de Staune.

Ainsi commence le billet sur la "pierre de rosette" (a.k.a. Vincent Fleury) de Jean Staune, volontairement écrit avec un "r" minuscule, pour ne pas la confondre avec la pierre de Rachïd (Rosette), qui, elle, a été vraiment précieuse.

Chose promise, chose due, dette acquittée.

Qu'on ne me parle plus de Vincent Fleury et de sa théorie, sauf si un jour il se décide à présenter ses excuses pour ses accusations déplacées et son langage ordurier. Les commentaires de ce blog sont clos, le sujet l'étant.

La première chose à faire est de la valider ou invalider en réalisant une expérience ad hoc. Il me semble que Vincent Fleury n'en a pas fait autant. Ce qui est dommage.

Parce que si quelqu'un d'autre réalise l'expérimentation et invalide l'hypothèse, le travail de plusieurs hommes-mois part à la poubelle.
J'ai à plusieurs reprises posé la question à VF, s'il avait des résultats supplémentaires à ceux que l'on trouve sur le Net. La seule réponse que j'ai obtenu a été donnée à un de ses derniers commentaires :

Des données? Celles là me suffisent, allez voir les vrais figures des papiers, pas les petits dessins merdiques faits en vacances pour essayer de tempérer vos eructations.

Je conclue qu'il n'a pas pris la peine de vérifier son hypothèse de base.

La question se pose immédiatement : est-ce que quelqu'un d'autre a pris la peine de vérifier si les mouvements cellulaires durant la gastrulation sont dus à des mouvements de convection uniquement, ce qui donnerait raison à VF, à des mouvements autonomes uniquement, ce qui serait étonnant, ou peut-être à un mélange de mouvements de convection et autonomes, ce qui est le cas si on fait des simulations .

Le réponse se trouve immédiatement autonomous convective cell movements gastrulation.

Mesodermal cell displacements during avian gastrulation are due to both individual cell-autonomous and convective tissue movements.

Zamir EA, Czirók A, Cui C, Little CD, Rongish BJ.

PNAS | December 26, 2006 | vol. 103 | no. 52 | 19806-19811

Gastrulation is a fundamental process in early development that results in the formation of three primary germ layers. During avian gastrulation, presumptive mesodermal cells in the dorsal epiblast ingress through a furrow called the primitive streak (PS), and subsequently move away from the PS and form adult tissues. The biophysical mechanisms driving mesodermal cell movements during gastrulation in amniotes, notably warm-blooded embryos, are not understood. Until now, a major challenge has been distinguishing local individual cell-autonomous (active) displacements from convective displacements caused by large-scale (bulk) morphogenetic tissue movements. To address this problem, we used multiscale, time-lapse microscopy and a particle image velocimetry method for computing tissue displacement fields. Immunolabeled fibronectin was used as an in situ marker for quantifying tissue displacements. By imaging fluorescently labeled mesodermal cells and surrounding extracellular matrix simultaneously, we were able to separate directly the active and passive components of cell displacement during gastrulation. Our results reveal the following: (i) Convective tissue motion contributes significantly to total cell displacement and must be subtracted to measure true cell-autonomous displacement; (ii) Cell-autonomous displacement decreases gradually after regression from the PS; and (iii) There is an increasing cranial-to-caudal (head-to-tail) cell-autonomous motility gradient, with caudal cells actively moving away from the PS faster than cranial cells. These studies show that, in some regions of the embryo, total mesodermal cell displacements are mostly due to convective tissue movements; thus, the data have profound implications for understanding cell guidance mechanisms and tissue morphogenesis in warm-blooded embryos.

Free Access

Si j'avais focalisé mon attention sur la base du travail de Fleury j'aurais eu la réponse de suite, nos discussion ayant commencé au début de l'année 2007. Mais, à l'époque je ne pouvais même pas imaginer qu'il pourrait travailler à partir d'une hypothèse non vérifiée. Ayant appris à le connaître mieux, j'ai fini par me poser la question hier soir et j'ai trouvé la réponse dès que je me suis connecté.

Ce papier est particulièrement intéressant.

D'abord il établit clairement que les cellules du mésoderme se déplacent par une combinaison de mouvements convectifs et autonomes. L'hypothèse de base, que le mouvement cellulaire durant la gastrulation serait juste un flux cellulaire est invalidée. C'est un point de vue très peu répandu dans la littérature scientifique, mais il y en avait quelques partisants.
Toutes modélisations ne tenant pas compte de la composante "mouvements cellulaires autonomes" est faussée. Le(s) modèle(s) présenté(s) par Vincent Fleury également.

Puis, il montre que les mouvements autonomes représentent eux-mêmes un gradient suivant l'axe antéro-posterieur, plus marqués vers l'arrière, de moins en moins important au fur et à mesure qu'on va vers la région céphalique; probablement le reflet du gradient morphogène chimique que les cellules suivent.
Et que les vitesses varient en fonction du temps. Le "résumé" est présentée à la figure 5 du papier :

Fig. 5. Spatial cell-autonomous speed maps for each of the 2-h time intervals studied. Each dot represents the position of a cell at a single time point for each speed measurement. A coordinate transformation was performed to make cell coordinates relative to Hensen's node (HN) for each embryo, and data from the left and right sides of embryos were combined. For reference, a schematic drawing of the node and PS is shown to the left of each map. Although no specific measurements were made, the observed shortening and widening of the PS over time is illustrated. Each map uses the same scale bar (right).

Si une jour Vincent Fleury intègre dans un nouveau modèle ce genre de données expérimentales il est possible, probable même, qu'il s'approchera des animaux réels qu'il semble autant apprécier.

En attendant, son hypothèse de base est révélée est fausse, ce qui invalide son modèle et ses extrapolations quant à l'absence d'activité des gradients morphogènes. Ca rend caduques également ses prises de position quant à l'impossibilité du contenu génique de modifier le déroulement de la gastrulation, qui certes est largement démontré par les expériences de knockdown auxquelles il n'y croit pas, mais qui ne tiennent pas face au fait que les cellules sont aptes à se déplacer de façon autonome.

Quelles que soient les objections de Fleury, il faudrait qu'elles soient soutenues par des données expérimentales du même type et quelque chose me dit que nous ne sommes pas prêts de les voir venir de sa part; non pas seulement parce qu'il ne chercherait pas à les obtenir, mais surtout parce qu'il est improbable qu'elles abonderaient dans son sens.

Reste à savoir si en tant que membre de l'editorial board de Organogenesis, il aura la décence de publier un correctif indiquant que sa modélisation ne tient pas compte des mouvements cellulaires autonomes.

Mais également pour le large public, plus difficile à joindre, je parle de ceux qui ont lu "De l'oeuf à l'éternité : le sens de l'évolution", qui est aussi basé sur cette même hypothèse invalidée. Il fera quoi pour ces personnes ? Publier un livret avec le correctif ?

Enfin j'aimerais savoir comment va se comporter Jean Staune, voyant que son poulain, sa "pierre de rosette", perd pied.

Vincent Fleury dit :

Le seul mérite de tout ça c’est de faire comprendre aux gens ce que c’est, dans la réalité, le milieu scientifique.

J'espère que les gens ne se baseront pas sur ça pour se faire une idée du milieu scientifique, l'approche de Vincent Fleury, émettre une hypothèse vérifiable et de ne pas la vérifier avant de poursuivre, n'étant vraiment pas la façon de faire du milieu scientifique. Il y en a qui passent à la paillasse avant d'aller chez leur éditeur grand public; la majorité.

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Ceci est le dernier post de ma part sur ce blog, autre que la collecte de la biblio occasionnelle sur le sujet. Les commentaires resteront actifs pendant une période, pour accueillir les discussions qui pourraient avoir lieu, mais si elle s'estompent (disons plus de nouvelle entrée pendant un mois) je les fermerai définitivement pour ne pas avoir à m'occuper du spam. Je vous salue bien bas, toutes et tous, à l'exception de Vincent Fleury et Jean Staune que je salue simplement.

Ainsi, dans la conception du script qui contredit non pas sur un plan philosophique ou par des hypothèses à la con les assertions erronées de Staune, j'ai prévu une belle trappe en espérant qu'il tombe dedans. Il ne s'est pas manifesté et je me disais que j'avais préparé mon coup d'échecs inutilement, mais il y a eu un autre poisson qui est tombé dedans : Vincent Fleury !

En fait, il a commencé par tomber sur un piège qui n'en était même pas un. JeanWalker se promène de façon aléatoire dans un paysage 2D. De fait, il est impossible de décrire le chemin qu'il a parcouru quand les conditions d'arrêt du script sont remplis, à savoir se retrouvé au point le plus à droite et en haut du paysage. Tout ce que l'on connaît à ce moment c'est où se trouve le 'bot. Je ne sais pas quelle mouche a piqué Fleury, il a voulu ramener sa fraise :

Votre phrase :

"Le "chemin" parcouru, ainsi que le nombre d'étapes avant que JeanWalker tente de dépasser le dernier domaine est variable et imprévisible, bien entendu"

n'est pas exacte, elle est même carrément fausse, on peut très bien faire la statistique de tout ça

[...] Source, gras par moi

La réponse a été très simple et rapidement mise en place, encore une fois en pratique et non pas avec des hypothèses et des trucs que l'on pourrait faire, mais avec un cas pratique. La version JeanWalker 2.4, un script qui n'enregistre pas l'historique des itérations du 'bot, et qui a la fin il parle pour dire :

• say"Jean Walker's run is finished, as it tried to get a value of x higher then the number of domains available"
• say"now clever guy, try to answer those"
• say"how many domains? so, what is the actual vaue of x?"
• say"how many steps?"
• say"and what is the value of y?"
• say"what? unable to answer those simple questions? Fuck!"
• say"oh! I'm sorry, I said the f-word, I'm a bad bad script"
• say"but you know what? I'm happy!"

Il est bien entendu impossible de répondre à ses questions et j'aurais aimé voir la tête de Fleury écoutant le script le remettre à sa place.

Un mec ordinaire aurait pu s'excuser d'avoir écrit "n'est pas exacte, elle est même carrément fausse" se rendant compte qu'il avait carrément tort. Mais Fleury n'est pas un mec ordinaire. Donc il a oublié de s'excuser. Et il a essayé de tourner la situation à son avantage en tergiversant.

Je crois que vous êtes trop naïf sur ce modèle même, qui est le votre pourtant. Ce n'est pas l'instruction de montée systématique qui induit une direction, dans votre modèle, c'est le caractère aléatoire de la marche sur les paliers. Même sur les paliers, sans aucune direction pré-définie, on finit par aller plus à droite.

Allez, un Fleury dans la trappe préparée pour Staune, un !
En fait, le script été façonné en sorte de susciter cette remarque de la part de quelqu'un qui ne s'y connaît pas. Et il attrape un modélisateur !
Voyons en quoi la trappe consistait : la position du bot est initialisée à la position {0, 0} et la condition d'arrêt est "le plus à droite possible"

• set x to 0
• set y to 0
• [...]
• try
•     set domain to item ((x + 1) div 1) of landscape
• on error
•     --avoid outer space! ;-)
•     exit repeat
• end try

Qui est le naïf là qui n'a pas su reconnaître la téléologie plantée en plein dans le script ? Vincent Fleury !

Bien entendu en randomisant la position du starting block et en donnant un rapport disons toutes les 10-10000 itérations (ce que JeanWalker 2.3 fait), la "directionnalité" s'évanouit, le 'bot pouvant être n'importe où par rapport à sa position initiale : plus à gauche, droite, haut ou bas. JeanWalker 2.3 n'est pas téléologiste comme Jean Staune.

Le pire arrive par la suite, après que j'ai dénoncé sa bourde. Fleury veut coûte que coûte avoir raison, il n'admet pas s'être planté et essaie de donner une autre tournure à la discussion, introduisant la possibilité de se servir des modélisations ergodiques. Esperait-il m'éblouir avec sa technicité ? Loupé. Il a raison d'évoquer cette approche. Mais il répond trop vite et en ignorant qu'elle avait déjà été utilisée pour décrire la "directionnalité" de l'évolution biologique; c'est le domaine de prédilection de Lloyd Demetrius depuis plusieurs années, et il a montré que la direction était fonction des conditions externes (aka Sélection Naturelle) et qu'elle pouvait être positive, négative ou stochastique suivant les tailles des populations considérées et les conditions ambiantes. Demetrius doit plancher sur le sujet depuis bientôt 12-15 ans. Fleury découvre dans mon post et tombant sur les dernières publis de Demetrius il s'enfonce en parlant de publis récentes. J'avoue que malgré le fait que j'en avais entendu parler de lui depuis fin 1994 le premier papier de lui que j'ai lu date de 1997 : Directionality principles in thermodynamics and evolution (pdf PNAS). 10 ans quand même, 10 ans. Il en faut combien à un biophysicien qui a pris le temps d'écrire un bouquin pour vérifier la biblio qui s'y rapporte ? Le sous titre est bien "Le sens de l'évolution", n'est-ce pas ?

Ainsi, autour d'une simple trappe, qui ne lui était pas destinée, Fleury a réussi le coup de tomber trois fois. Une performance.

Moi je ne connais pas la littérature sur les modèles statistiques d'évolution, si ça fait seulement un mois qu'on se préoccupe d'ergodicité, franchement, les bras me tombent.; qu'est-ce qu'ils ont fait jusque là, je me le demande.

C'est ahurissant ! Le mec cause d'un sujet qu'il dit publiquement ignorer. Et en plus il n'a pas été lire la littérature mentionnée. D'ailleurs il n'a même pas lu ce que j'ai écrit. Le "publié à peine un mois" n'est pas le travail de Demetrius mais de Olin Silander qui est un travail expérimental dont les résultats sont en accord avec les prédictions du modèle darwinien et appuient le modèle de Demetrius. Je crois que j'ai été suffisamment clair en écrivant :

Je ne connais que les travaux de Lloyd Demetrius proposant une approche ergodique de l'évolution d'une population (espèce unique). Il montre bien que la direction peut être positive ou négative ou aléatoire en fonction des tailles des populations et des contraintes écologiques. Oups ! "positive ou négative ou aléatoire en fonction des tailles des populations et les contraintes écologiques", ça ne doit pas vous plaire ça.

Si on "attaque" le problème en expérimental on obtient des résultats analogues, c'est ce que montre le travail d'Olin Silander, publié il y a à peine un mois. Mais ce n'est pas une analyse théorique exacte l'expérimental, juste des données réelles, vous n'allez pas vous arrêter pour des détails, n'est-ce pas ?

A se demander ce que Fleury connaît de la littérature scientifique qui touche le sujet qu'il s'applique à critiquer. A se demander ce que Fleury connaît de la littérature scientifique. A se demander ce que Fleury connaît. (non, ce n'est pas l'écho, il n'y a pas d'écho sur le blog ;-) Sinon ça aurait été dans l'autre sens, n'est ce pas ?) Vous allez voir, il va réinventer la roue un de ces jours (ce qui ne serait déjà pas mal) et il voudra aller la breveter.