Thomas, T., Evans, F.F., Schleheck, D., Mai-Prochnow, A., Burke, C., Penesyan, A., Dalisay, D.S., Stelzer-Braid, S., Saunders, N., Johnson, J., Ferriera, S., Kjelleberg, S. and Egan, S. (2008).
Analysis of the Pseudoalteromonas tunicata Genome Reveals Properties of a Surface-Associated Life Style in the Marine Environment.
PLoS ONE 3:e3252.

If correlating genomic features with microbial physiology is your thing, go and check it out. The article is open access, for your pleasure - as are five of my last six efforts, I just noticed.

Image via Wikipedia

In an expository news piece released in last week's issue of the journal Nature, Declan Butler describes how the Public Library of Science is attempting to stay afloat by using lower-cost, "bulk publishing" with PLoS One to offset mounting costs of publishing PLoS Biology and PLoS Medicine.

The story has an element of shadenfreude to it, as those interviewed appear to take some pleasure out of saying publicly I told you so, considering PLoS's history of overconfidence in their financial model.

PLoS trumpeted its business model as being better than everyone else's, as being 'the one'

The blogosphere has reacted somewhat negatively to the Nature report, calling it a "hatchet job" and explaining Nature's approach in terms of competition and jealousy.

From the report, is clear that even with significant philanthropy, PLoS is unable to publish only high-quality, low acceptance journals. A model where one expends massive amounts of resources on manuscripts which are ultimately rejected does not scale well with a producer-pays model. PLoS has done what Joe Esposito described in his article Open Access 2.0 -- adopted a successful low-cost, highly automated publishing model for the bulk of its articles.

Manuscript submitted to PLoS One undergo light peer-review meaning that reviewers screen for serious methodological flaws, not the importance of the result. It is a bit puzzling that enough authors would be willing to pay $1,250 to publish in a generic, high-acceptance journal when the same amount of money would pay for open access in a journal such as PNAS or a high-prestige specialist journal offering an author-choice model.

And this is where the economics of traditional publishing need to be rethought. There is certainly some brand coat-tailing going on with the high-quality PLoS brand built from their flagship journals being conferred to PLoS One. In addition, authors of rejected manuscripts from PLoS Biology and PLoS Medicine (those that don't include serious methodological flaws) are encouraged to resubmit to PLoS One. With the risk of completely missing the point on a blog that is followed by veteran publishers, let me speculate on how this makes economic sense:

1. Most manuscripts submitted to PLoS Biology or PLoS Medicine, like manuscripts submitted to all top-tiered journals, are undoubtedly of exceptional quality.
2. An editor has already invested time in vetting that manuscript - time that would be essentially wasted if the manuscript was simply rejected.
3. The author has already expressed the intention and willingness to pay author processing charges and publish in a fully open access journal.
4. PLoS could guarantee a faster publication with light peer-review (now half-completed) than sending the author away to seek an outlet with another journal.
5. As a result, it doesn't seem like a hard sell to an author that a rejected manuscript be published in PloS One. This may explain the success of the journal.

Now back to my earlier question about whether an author is getting equal value paying PLoS One $1,250 as they would seeking another outlet, especially when PLoS is using PLoS One to subsidize its flagship journals. What this subsidy means is that PLoS One authors are paying too much, and PLoS Biology and PLoS Medicine authors are paying too little.

In an efficient market where authors are sensitized to the true costs of publishing and where competition leads to commensurate value for each dollar spent, this does not sound like an efficient market for publishing.

(Agence Science-Presse) – La chenille qui se transforme en papillon recommence sa vie à zéro. Mais pas complètement à zéro. De nouvelles recherches suggèrent que des souvenirs pourraient passer d’une « vie » à l’autre, alors qu’on croyait les neurones de la chenille annihilés par la métamorphose. Des entomologistes de l’Université Georgetown à Washington ont placé des chenilles dans un tube en Y, où l’une des voies était parfumée —et les chenilles qui s’engageaient dans cette voie recevaient un petit choc électrique. Devenues papillons, une majorité ont refusé de s’engager dans la voie parfumée, rapportent ces chercheurs dans la revue PLOS One.

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Questa crema sarebbe in grado di impedire al virus dell'HIV di penetrare nelle cellule di Langerhans, cellule preposte all'immunità primaria e che sono presenti nell' epidermide.
I ricercatori dell’University of Melbourne coordinati da Roger V. Short hanno scoperto che più alti sono i livelli di cheratina presenti nell’epidermide del prepuzio, meno probabile è il contagio HIV, perché la cheratina funziona da barriera tra l’esterno e le cellule di Langerhans.
L'uso della pomata all'estradiolo è in grado di stimolare drammaticamente la produzione della cheratina. L'effetto secondo lo studio durerebbe fino a 5 giorni dall'applicazione.

Questi ulteriori dettagli dello studio:

Short RV, Pask AJ, McInnes K et al. Topical Oestrogen Keratinises The Human Foreskin and May Help Prevent HIV Infection. PLoS ONE 3(6): e2308 doi:10.1371/journal.pone.0002308.

Os cientistas concluíram que a beleza e a atratividade de uma pessoa, avaliada pela simetria de seus traços, são a exigência visual que a biologia utiliza para indicar que homens e mulheres possuem genes de qualidade.

Deste modo, homens e mulheres querem que seus pares sejam bonitos e atraentes, pois, sem saber, seu instinto de conservação da espécie interpreta a beleza como um sinal de qualidade genética que será transferido à geração seguinte.

Para fazer a pesquisa, os especialistas utilizaram fotografias de europeus, de membros de uma das últimas tribos de caçadores, os Hadza da Tanzânia, assim como de macacos, e mediram as faces de todos eles.

Depois, foi pedido a um grupo de voluntários que julgassem a masculinidade dos rostos com traços mais e menos simétricos.

Eles descobriram que os homens com o rosto simétrico eram percebidos como tendo proporções faciais mais masculinas, e o mesmo ocorria no caso das mulheres.

Os pesquisadores concluem que, em geral, todas as culturas tendem a escolher pares com traços simétricos, e isso sugere que esses são indicativos de melhores genes e que o eleito será melhor companheiro.

Nei motivational speech e nelle riunioni di self-help non manca quasi mai la storia dei due animaletti caduti nel secchio di latte. A volte sono topi o ranocchi, altre volte insetti. L'altro giorno in metropolitana un grosso signore di colore con in testa un basco alla Che Guevara e gli occhiali da sole alla Morpheus ne stava leggendo una versione a me nuova, nella quale le protagoniste erano due cavallette. Le bestiole cadono in un secchio pieno di latte. Una resta passiva, si lamenta ed annega nella sua resa di fronte alle avversità. L’altra invece si dimena indomita al punto da riuscire a trasformare il latte in burro, salvandosi grazie alla forza d'animo, alla caparbia, eccetera.

Passiamo ora dal secchio di latte ad un posto meno piacevole e più gore: un ascidio di Nepenthes. Il genere Nepenthes è uno di quelli volgarmente classificati tra le "piante carnivore", i vegetali splatter che avendo scelto di vivere in una nicchia evolutiva sgradita a tutte le altre piante o quasi (i terreni poveri d'azoto come torbe, sfagni, o addirittura spazi epifiti) ha messo a punto una batteria di stratagemmi assai ingegnosi per integrare le carenze alimentari. Assumendo ad esempio l'azoto non dal suolo ma dalle proteine degli insetti (e se gli capita anche da piccoli vetebrati poco accorti), che catturano e digeriscono tramite apposite trappole.

Per poter raggiungere il loro scopo, gli adattamenti evolutivi necessari alle Nepenthes sono stati assai numerosi e terribilmente mirati. Senza farla troppo lunga, innanzitutto si è dovuto formare l'ascidio, una foglia profondamente modificata a forma di sacchetto, conformata in maniera tale da soddisfare diverse esigenze oltre a quella fotosintetica. L'insetto, ad esempio, deve essere attratto verso l'ascidio, ragion per cui la trappola è colorata e secerne una sostanza zuccherina in nettarii extrafiorali. Deve entrare facilmente ma non deve riuscire a fuggire, per cui esistono sia barriere fisiche (l'apertura a margine revoluto, talvolta internamente spinificata) sia chimico-fisiche (la parete interna è squamata e spesso ricoperta di cera, che impedisce la presa alle zampe degli insetti) sia chimiche (la base dell'ascidio è piena di un liquido digestivo con doti particolari, come vedremo tra poco. Inoltre, dato che questo genere è tipico di foreste tropicali umide (sud-est asiatico, Borneo e dintorni), è necessario evitare che troppa acqua entri nell'ascidio, diluendo il liquido digestivo e limitandone l'efficacia. Ecco quindi che sopra l'apertura troviamo un opercolo a mò di ombrellino.

Fino a qui, si tratta di informazioni reperibili su qualunque sito di appassionati di carnivore. La parte che ci interessa di più ora è relativa al liquido digestivo, che solo digestivo non è, a quanto emerge leggendo un articolo apparso su PLoS One (Public Library of Science, un editore open access). La pubblicazione, dal titolo A Viscoelastic Deadly Fluid in Carnivorous Pitcher Plants, mostra una serie di dettagli molto interessanti circa il comportamento del liquido digestivo, fatti a partire da specie come Nepenthes rafflesiana, nelle quali il rivestimento interno degli ascidi non è scivoloso. Quello presente nelle trappole digestive è un liquido molto vischioso, che avvolge rapidamente la preda, tanto più rapidamente ed efficacemente quanto più questa si agita in preda al panico nel tentativo di fuggire. Non solo il movimento accelera l'imbibizione e blocca zampe ed ali, ma determina anche variazioni di consistenza nel fluido, che per effetto del minimo calore prodotto e dell'azione meccanica assume una consistenza sempre più collosa e rigida. La sfortunata preda non annega (quasi tutti gli insetti camminano letteralmente sull'acqua grazie al loro esoscheletro idrofobo o nuotano per brevi periodi e facilmente sfuggirebbero se il liquido avesse le medesime proprietà dell'acqua), ma viene letteralmente avvolta e soffocata come in una pozza di sabbie mobili, dando tempo alle sostanze digestive di fare il loro dovere. Nella versione online dell'articolo sono presenti anche alcuni filmati in Quicktime (editoria telematica vs. editoria cartacea, uno a zero) che mostrano la dinamica dell'intrappolamento. Abbastanza agghiacciante, ma la Natura non accetta buonismi.

E l'esergo al titolo del post? L'esistenza di un polimero viscoelastico naturale e biodegradabile ma resistente all'acqua (il liquido mantiene queste proprietà anche se viene diluito del 90% in acqua, altra ottimizzazione evolutiva visto il clima molto piovoso) è terribilmente promettente nella produzione di antiparassitari biologici in grado, as esempio, di bloccare o interferire con la colonizzazione di afidi, bruchi e formiche sulle piante da fiore e da frutto. Oppure ancora per aumentare l'adesione e la permanenza di altri insetticidi nebulizzati. Qualcuno ci lavorerà.

Per gli insetti disgraziatamente finiti negli ascidi di Nepenthes rafflesiana vale dunque un altro adagio più cinico: se finisci nella sabbie mobili non agitarti, affonderesti più in fretta. La lezione a riguardo potrebbero averla imparata alcuni simbionti delle Nepthentes come un ragnetto, Misumenops nepenthicola, che entra negli ascidi e muovendosi al rallentatore, si ciba di prede della pianta o dei loro resti senza restare intrappolato. Pianino pianino, in slow motion, anche il ragnetto si è fatto strada verso la sua nicchia evolutiva.

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A Viscoelastic Deadly Fluid in Carnivorous Pitcher Plants
Laurence Gaume, Yoel Forterre

Background. The carnivorous plants of the genus Nepenthes, widely distributed in the Asian tropics, rely mostly on nutrients derived from arthropods trapped in their pitcher-shaped leaves and digested by their enzymatic fluid. The genus exhibits a great diversity of prey and pitcher forms and its mechanism of trapping has long intrigued scientists. The slippery inner surfaces of the pitchers, which can be waxy or highly wettable, have so far been considered as the key trapping devices. However, the occurrence of species lacking such epidermal specializations but still effective at trapping insects suggests the possible implication of other mechanisms.

Methodology/Principal Findings. Using a combination of insect bioassays, high-speed video and rheological measurements, we show that the digestive fluid of Nepenthes rafflesiana is highly viscoelastic and that this physical property is crucial for the retention of insects in its traps. Trapping efficiency is shown to remain strong even when the fluid is highly diluted by water, as long as the elastic relaxation time of the fluid is higher than the typical time scale of insect movements.

Conclusions/Significance. This finding challenges the common classification of Nepenthes pitchers as simple passive traps and is of great adaptive significance for these tropical plants, which are often submitted to high rainfalls and variations in fluid concentration. The viscoelastic trap constitutes a cryptic but potentially widespread adaptation of Nepenthes species and could be a homologous trait shared through common ancestry with the sundew (Drosera) flypaper plants. Such large production of a highly viscoelastic biopolymer fluid in permanent pools is nevertheless unique in the plant kingdom and suggests novel applications for pest control.

Hey fellow colleagues and grad students. So, about a year and a half ago I got tired of the lack of good discussion around research literature online. For instance, what was the best review paper in the field of a new research project I was about to start? So, I started building a website.

What I ended up with was:
-A citation manager called 'My Libraries' (easily download papers to EndNote)
-A lab database called 'WikiGroups' for any lab in the world
-A protocols database
-A paper search that gives better results than PubMed (this depends on you adding more
papers)
-Import papers from PubMed
-Contact or colleague manager called 'Notes'
-A 'My World' page that gathers all the latest from your colleagues, lab group activities
and school seminars.

It's in beta, so please report any bugs or feature requests (form available on all pages).

It's called Ologeez. From the plural of the suffix "-Ology," it refers to every branch of learning. If you find it useful, let other departments or schools know.

After very briefly exploring Ologeez, it seems like a competent addition to the handful of other science oriented resource and knowledge sharing websites currently available. OpenWetWare offers lab websites and shared protocols, but doesn't have literature-oriented resources. PLoS ONE has a journal club feature, but just for PLoS ONE and PLoS doesn't host lab websites or protocols. Laboratree and SciLink offer nice networking and some content management features, but don't support lab websites and literature discussion is indirect at best. Although Ologeez has very few users and entries right now, people may find it useful to be able to set up a lab presence with shared protocols and papers, post and discuss interesting papers, and keep up to date with what their colleagues are doing, all in one website. It includes categories for all branches of science and research, including business/econ, law, and math.

Given its inclusiveness, it has the potential to spread school-wide, though it'll be interesting to see if it catches on enough for the discussion and search features to be useful.